Un consorcio que gestiona un título interuniversitario puede optar por una gestión administrativa centralizada o descentralizada. Ambas son igualmente válidas, habitualmente siendo el coordinador del consorcio el que lleva la mayor parte de los trámites en ambos casos.

A menudo uno de los participantes esté a cargo de la coordinación del consorcio y de la administración general de toda la titulación y el consorcio. También es habitual la creación de un comité de coordinación en el que cada participante tiene un representante con voz y voto, que se encarga de la supervisión de la marcha de la titulación de forma periódica, así como de la toma de decisión de los aspectos más relevantes de la cooperación y su mejora año a año.

En la evaluación de titulaciones en los programas europeos no existe un criterio claro de preferencia por gestiones centralizadas o descentralizadas, y se valora más el hecho de que la coordinación esté convenientemente acordada entre todos los socios, preferentemente reflejada en el MoU, y que todos los socios tengan voz y voto en los aspectos más importantes dentro de los órganos de gestión de los estudios.

En cualquier caso, ya se escoja una alternativa o la otra, la gestión administrativa debe velar porque los estudiantes no estén obligados a dirigirse a uno solo de los miembros del consorcio si se trata de una universidad por la que éste no vaya a pasar durante sus estudios. Estas prácticas han creado problemas a muchos estudiantes en Erasmus Mundus porque administrativamente se aplican regulaciones de un país, incluyendo a veces la exigencia de abrir una cuenta en el país ese país, algo que no suele ser posible para algunos estudiantes en movilidad por un periodo muy corto.

Como un ejemplo de combinación de ambas, existen casos de mastersErasmus Mundus en los que la gestión es centralizada, pero la coordinación es rotatoria año a año entre las instituciones del consorcio.